Flagey est un petit village français, situé dans le département du Doubs et la région de Bourgogne-Franche-Comté (anciennement Région Franche-Comté).
La commune s'étend sur 7,8 km² et compte 162 habitants depuis le dernier recensement de la population datant de 2005. Avec une densité de 20,8 habitants par km², Flagey a connu une nette hausse de 58,8% de sa population par rapport à 1999.
Entouré par les communes de Reugney, Silley-Amancey et Septfontaines, Flagey est situé à 0 km au nord-est de Reugney la plus grande ville aux alentours.
Situé à 625 mètres d'altitude, le Ruisseau de Valbois, le Ruisseau de la Pisse, le Ruisseau de Bonnecreau sont les principaux cours d'eau qui traversent la commune de Flagey.
La commune est proche du parc naturel régional du Haut-Jura.
La Mairie
L'église Saint-Nicolas
Le Monument aux Morts
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